Rafael foi vendido ao Lyon, da França, pelo Manchester United, da Inglaterra, por 3 milhões de euros (R$ 11 milhões). E o Fluminense, clube formador, receberá uma pequena parte deste valor.
O jogador começou sua carreira nas Laranjeiras, mas nunca chegou a atuar pelos profissionais. Ainda nas divisões de base, foi negociado com o Manchester, onde ficou por oito anos.
Rafael assina por três anos com o Lyon.