Em entrevista ao canal do Paraná no YouTube, Thiago Neves comentou a transferência polêmica para o Fluminense em 2007, na sua primeira passagem pelo Tricolor. Na época, houve um imbróglio entre a empresa que o representava e o clube paranaense sobre a questão de direitos.
– Foi uma época complicada. Também fui enganado. Só falam do Thiago Neves porque era o meu nome que estava envolvido. Na época, o empresário acabou usando isso para poder manchar um pouco meu nome no clube. Mas eu não tive nada a ver. O processo era o clube contra um empresário, e acabou tendo meu nome. Nunca ganhei um real do Paraná, nunca processei o Paraná na minha vida, nunca vou fazer isso. Quando pude, quando o torcedor fez um negócio para ajudar o clube, eu ajudei. Sou torcedor. Os torcedores que acham que fui responsável pelo Paraná estar dessa forma, deixo bem claro que não tive nada a ver. Ao contrário, eu nunca botei o Paraná na Justiça e nunca vou colocar – falou Thiago Neves
Tal pendenga foi encerrada em 2017, com um acerto na Justiça entre a empresa em questão e o Paraná. Thiago Neves teve três passagens pelo Fluminense. A primeira entre 2007 e 2008. A segunda rápida em 2009. E uma terceira entre 2012 e 2013. No total, fez 174 jogos e 50 gols pelo Tricolor. Foi campeão da Copa do Brasil (2007), do Carioca (2012) e Brasileiro (2012).