Um dos principais jogadores revelados pelo Fluminense nos últimos anos, Marcos Paulo perdeu bastante espaço no elenco principalmente após a assinatura do pré-contrato para jogar no Atlético de Madrid da Espanha. O atacante partirá para a Europa de graça em julho, quando se encerra seu contrato com o Flu.
A tendência é que, até o dia que for para a Espanha, o ex-camisa 11 do Tricolor não seja mais aproveitado pela equipe profissional e nem esteja na lista dos inscritos para a Libertadores. Além disso, o jogador já vem treinando na equipe sub-23 comandada por Ailton Ferraz desde a reapresentação do grupo principal na última semana.
O Fluminense negociava com o clube espanhol uma taxa de vitrine na tentativa de poder utilizá-lo no início dessa temporada, para ganhar mais minutagem, como foi feito com alguns atletas como Ganso e Miguel, e para que o atleta não ficasse parado por muito tempo, porém não houve acerto entre os clubes. Vale destacar que seu contrato com o tetracampeão brasileiro vai até 30 de junho de 2021 e pelo visto não deve mais entrar em campo com a camisa verde, branca e grená.
A última partida de Marcos Paulo pelo Flu foi no clássico contra o Botafogo no dia 24 de janeiro, ainda pelo Campeonato Brasileiro, no qual o Tricolor venceu por 2 a 0. O atacante entrou aos 39 minutos da segunda etapa. Desde então só foi relacionado para a partida contra o Bahia e nunca mais figurou nem entre os suplentes.