Classificado para a próxima fase, o Fluminense conhecerá seu adversário através de um sorteio a ser realizado pela Conmebol no dia 04 de julho. O Tricolor entrará no pote 2 e cruzará com as equipes do pote 1. Saiba como serão divididos os potes e as regras do sorteio:
POTE 1 – 10 equipes provenientes da Taça Libertadores da América e 6 de melhor campanha na primeira fase da Copa Sul-Americana.
POTE 2 – 16 clubes classificados da fase inicial da Copa Sul-Americana.
As partidas da segunda fase serão realizadas entre as equipes do POTE 1 contra as do POTE 2.
As equipes do POTE 1 terão a vantagem de jogar em casa no jogo de volta.
O período de disputa da segunda fase da Copa Sul-Americana 2018 será entre os dias 15 de julho e 18 de agosto.