Decisivo nos dois jogos do Fluminense na Libertadores, Marquinhos já havia tido protagonismo em jogos na competição antes mesmo de chegar no Tricolor. Quando ainda vestia a camisa do São Paulo, clube que o revelou, o atacante também balançou as redes e acumula bons números no torneio.
Na Libertadores de 2021, Marquinhos deu uma assistência e foi o autor de um dos gols da vitória do clube paulista sobre o Racing (ARG), na Argentina, por 3 a 1, pelas oitavas de final da competição. Ao todo, Marquinhos soma três gols e duas assistências em três jogos como titular na Libertadores.
Com a lesão de Keno, Marquinhos assumiu a titularidade e tem agradado com suas boas atuações. Foram dois gols e uma assistência nos primeiros dois jogos do Flu, contra Alianza Lima (PER) e Colo-Colo (CHI). O Tricolor volta a campo pela Libertadores no dia 25 de abril, contra o Cerro Porteño (PAR).
