A passagem de Enderson Moreira pelo Fluminense foi curta, mas, a julgar pelos números frios, satisfatória. Em 12 partidas sob o seu comando, o time venceu sete, empatou duas e perdeu três, totalizando um aproveitamento de 63,8%.
Seu maior feito foi ajudar o Tricolor a se classificar às oitavas de final da Copa Libertadores de 2011 de maneira histórica. Na última rodada, o Flu precisava vencer o Argentinos Juniors (ARG) por dois gols de diferença em solo vizinho e torcer para que Nacional (URU) e América (MEX) empatassem no Uruguai.
O Fluminense vencia por 3 a 2 até o finzinho, quando Edinho sofreu pênalti, Fred bateu e colocou a equipe na próxima fase, já que Nacional e América empataram sem gols. Entretanto, acabou eliminado pelo Libertad (PAR) nas oitavas. Os cariocas venceram os paraguaios por 3 a 1 no Rio, mas na casa do adversário, com Rafael Moura e Fred no ataque, foi goleado por 3 a 0. Enderson seguiu no comando técnico até o meio do ano, quando Abel Braga foi contratado.