Contratado pelo Fluminense, Jonathan vem de um longo tempo sem atuar. De acordo com publicação do Globoesporte.com, a última partida do lateral-direito pela Internazionale (ITA), seu último clube, foi há quase um ano. No dia 24 de setembro de 2014, esteve em campo pelos 90 minutos na vitória por 2 a 0 sobre o Atalanta.
Na temporada passada, atuou pela Inter em apenas cinco jogos. Ficou 286 minutos em campo.
Aos 29 anos, Jonathan assinou com o Fluminense até o fim de 2016.