Destaque na Copa São Paulo de Futebol Júnior de 2012, Marcos Júnior foi integrado aos profissionais ainda naquele ano. Porém, começa a deslanchar nesta temporada, após empréstimo para o Vitória em 2014. Ele explica o motivo de ter demorado a vingar.
– Às vezes têm jogadores que sobem da base e dão certo logo de cara. Graças a Deus, estou me acostumando agora a jogar no Fluminense e estou indo bem. No profissional, os jogadores são mais fortes – justificou o atacante.