Em 2014, Marcos Júnior foi emprestado para o Vitória, que acabou rebaixado para a Série B. Muitas vezes não ficava nem no banco. De volta ao Fluminense, demorou a ter chances e confessou que não esperava mais ser aproveitado.
– No começo do ano eu nem imaginava que ia jogar. Agora estou tendo uma sequência que não esperava, mas ganhei a oportunidade e estou tentando aproveitar da melhor maneira possível a cada jogo. Espero crescer mais ao longo do campeonato – desejou o atacante.