Revelado nas divisões de base do Fluminense, Rafael Pernão acertou com o Madureira para a disputa da Série C do Campeonato Brasileiro. O apoiador, depois de deixar o Tricolor, passou também pelo Internacional.
Pernão tem parte de seus direitos ligados à Traffic e antes de chegar ao Tricolor Suburbano estava defendendo o Tombense, de Minas Gerais.