Fora dos planos do Fluminense, Jonathan não participou do segundo turno do Campeonato Brasileiro. De fora acompanhou a derrocada do time nas rodadas finais, culminando com dez jogos sem vitória e uma decepcionante 13ª colocação. Para o lateral, a ambiente político atrapalhou.
– Vi com chateação o momento do Fluminense. Sabia que poderia dar minha contribuição, mas não estava em minhas mãos. Não pude fazer nada. Acredito que o momento político seja a única explicação para uma queda tão grande na briga pela Libertadores. A política no clube é muito forte e mexe com todas partes. Acho que afetou dentro de campo.