Jonathan deixou o Santos em 2011 para atuar num gigante europeu. A Internazionale (ITA) contratou o lateral-direito com a expectativa de substituir à altura Maicon, que, como Jonathan, surgiu na base do Cruzeiro. As comparações, admite o jogador do Fluminense, atrapalharam seu rendimento em Milão.
– Quando cheguei na Inter foi me dito que eu era o herdeiro de Maicon. Na Itália é assim, eles gostam de rotular jogadores. Desde que eu ainda estava jogando no Brasil tinha de dizer esta comparação não tinha razão de existir. O meu estilo é diferente do de Maicon e essa comparação era pesada, porque Maicon é o meu ídolo. Mas, ainda assim, eu consegui conquistar meu espaço, mas as lesões acabaram afetando um pouco – explicou o lateral-direito.
Em setembro, o jogador, hoje com 29 anos, assinou com o Fluminense até dezembro de 2016. Antes de regressar ao Brasil, atuou pelo Parma.