Revelado nas categorias de base do Fluminense, Marcos Júnior ainda mora em Xerém, distrito de Duque de Caxias, localização do CT Vale das Laranjeiras. De mudança para a Barra da Tijuca, onde fica o centro de treinamento do time profissional, não abandona as raízes e declara sua gratidão ao clube; – Eu cheguei novo aqui, jogo com prazer, é o clube no qual me sinto bem. Sempre procuro dar o meu máximo. Jogar no Fluminense me faz muito bem – garantiu.
