Revelado pelo Figueirense, João Filipe chamou a atenção do Botafogo e foi contratado em 2011. No mesmo ano, despertou o interesse do São Paulo e se transferiu. Acabou emprestado para outros clubes e volta a jogar num grande clube, agora o Fluminense. O zagueiro resume sua passagem por equipes expressivas do Brasil.
– Quando saí do Botafogo era novo. Tinha 21 anos. No São Paulo, vivi ótimo momento. Terminei o ano muito bem no Avaí. Espero melhorar aqui no Fluminense. Estou feliz, entusiasmado – disse o defensor, hoje com 26 anos.