No dia 20 de abril de 2016, o Fluminense conquistava a primeira edição da Copa da Primeira Liga (que teve apenas mais uma edição, no ano seguinte). Na decisão, o Tricolor das Laranjeiras superou o Athletico por 1 a 0, no Estádio Mario Helênio, em Juiz de Fora, com gol de Marcos Junior.
A competição contou com times do Rio de Janeiro (Fluminense e Flamengo), Sul (Internacional, Grêmio, Coritiba, Athletico, Figueirense, Avaí e Criciúma) e Minas Gerais (Atlético-MG, Cruzeiro e América-MG). As equipes foram divididas em três grupos.
O Fluminense ficou no Grupo A e estreou com derrota de 1 a 0 para o Furacão, no Raulino de Oliveira. Depois, fez 4 a 3 no Cruzeiro, no Mineirão, e bateu o Criciúma por 2 a 0, em Juiz de Fora. Passou em primeiro com seis pontos.
Na semifinal, pegou o Inter e Brasília e ganhou nos pênaltis de 3 a 2 após empate de 2 a 2 no tempo normal.
A decisão foi vencida por 1 a 0. Marcos Junior fez o gol da vitória aos 37 minutos do segundo tempo. Magno Alves, com 40 anos, tornou-se o jogador mais velho a conquistar uma taça pelo Fluminense. O time era comandado pelo técnico Levir Culpi.