Depois de um início arrasador, João Paulo acabou tendo um fim de passagem pelo Fluminense um pouco apagado. Na reta final do Brasileiro do ano passado, chegou a ser preterido pela comissão técnica, à época comandada por Marcão, até mesmo do banco de reservas em algumas partidas. Além disso, chegou a ser cobrado por torcedores na rua. Hoje no Watford, da Inglaterra, afirma ser grato ao clube e rechaça qualquer tipo de mágoa.
— Não ficou mágoa não, apenas gratidão ao Fluminense.
No total, João Pedro fez 36 jogos e dez gols pelo Tricolor.