Revelado pelo Fluminense, onde teve passagem vitoriosa, Fernando Henrique falou sobre o desejo de retornar ao clube para eventualmente encerrar a carreira. Hoje no Santo André, o goleiro comentou a respeito da possibilidade. Ele reafirmou o carinho que tem pelo Tricolor das Laranjeiras.
— Me perguntaram numa outra entrevista, se tinha um time que eu gostaria de encerrar, seria o Fluminense. O Fluminense é uma equipe do cenário mundial, tenho grande respeito, assim como tenho pelo Ceará e todos os times que passei. São equipes que guardo no coração.
Fernando Henrique atuou pelo Fluminense entre 2002 e 2010. Neste período, realizou 264 jogos e foi bicampeão carioca (2002 e 2005), campeão da Copa do Brasil (2007) e campeão brasileiro (2010).