Revelado no Fluminense, Fernando Henrique teve uma passagem sólida pelo clube entre 2002 e 2010. Foram vários títulos. Entre eles, foi titular na Copa do Brasil de 2007. Na Libertadores de 2008, no vice-campeonato, teve grande participação. Depois, acabou perdendo espaço com a chegada de Rafael. Ao NETFLU, o goleiro comentou essas idas e vindas.
Fernando Henrique destaca que no futebol tem de entrar mesmo quem está melhor, mas lembra de depois ter se recuperado e participado bem também na campanha do tricampeonato brasileiro em 2010.
– Eu acho que futebol é coisa de momento. E naquele momento eu não estava muito bem. Só que em 2010, o Rafael se machucou antes do primeiro turno do Brasileirão acabar. As pessoas esquecem disso, mas eu assumi a posição e ficamos entre 12 e 15 jogos invicto, depois quebrei o dedo e o Berna entrou. Participei firmemente do título de 2010 – contou Fernando Henrique.