Já aposentado dos gramados, Emerson é lembrado até hoje como herói e vilão no Fluminense. Também pudera. Fez o gol do título brasileiro na última rodada do campeonato em 2010, na vitória de 1 a 0 sobre o Guarani e, no ano seguinte, foi expulso do clube ao cantar música do Flamengo no ônibus antes de jogo pela Libertadores. Em entrevista ao SBT, o ex-atacante recordou a polêmica e falou também do desentendimento com Fred.
— Eu cantei e não me arrependo de nada. Meu problema com ele foi o seguinte, eu cantei a música do Flamengo, no ônibus do Fluminense, fui chamado pela diretoria em um bate-papo, resolvemos e depois disso, todo o grupo todo foi ao meu quarto e ele não foi, daí em diante a amizade ficou ruim – falou.
A passagem de Emerson Sheik pelo Fluminense foi curta. Defendeu o clube entre julho de 2010 a abril de 2011, quando ocorreu a polêmica. Fez 20 jogos e nove gols.