Campeão da Primeira Liga pelo Fluminense em 2016 e dispensado no mesmo ano sem a renovação de contrato, Jonathan está atualmente no Atlético-PR e despertou o interesse do São Paulo. O clube paulista pode ainda ofertar ao Furacão dois jogadores em troca pelo lateral-direito. Um deles é outro ex-tricolor. Há a ideia de rescindir o contrato do também lateral-direito Bruno, campeão brasileiro pelo Flu em 2012, e cedê-lo em definitivo ao Atlético-PR para ter Jonathan. O outro é o volante Araruna, este por empréstimo. A intenção do São Paulo é ter Jonathan em definitivo. O lateral-direito tem contrato com o Furacão até o fim do ano e a proposta, em princípio, não agradou. Ele é visto como peça fundamental para o esquema do técnico Fernando Diniz. Jonathan jogou no Fluminense entre 2015 e 2016. Fez 28 partidas e nenhum gol.
