Em 2023, o Fluminense teve uma das maiores conquistas de sua história, vencendo a CONMEBOL Libertadores. Na final contra o Boca Juniors, John Kennedy foi herói, marcando o gol do título na prorrogação.

Último gol de John Kennedy pelo Fluminense

Em 2024, o atacante teve uma temporada bem abaixo das expectativas, marcando apenas três gols. O último deles foi no dia 29/05, na vitória por 3 a 2 sobre o Alianza Lima. Esta pode ter sido a última vez que JK balançou as redes pelo Flu. Ele deve ser emprestado ao Pachuca, do México.