Revelado nas categorias de base do Fluminense e torcedor declarado do Botafogo, Rafael afirmou que no Rio de Janeiro só joga nestes dois clubes. Atualmente no Lyon, da França, o lateral-direito falou inclusive que já rejeitou uma proposta oficial para atuar no Flamengo.
– Eu quero terminar minha carreira no Botafogo, mas primeiro precisa ter uma proposta. Não adianta só eu querer, o Botafogo tem de querer também. O Flamengo teve contato, proposta oficial e tudo. Muita gente fala, mas não desrespeitei o Flamengo. Agradeci por gostarem do meu futebol, mas sou botafoguense e, para mim, seria uma traição. Os únicos clubes que não jogaria no Rio de Janeiro são Flamengo e Vasco. Não foi aquela vez, não vai ser pra frente que vou fazer – disse ao canal do jornalista Thiago Franklin.
Rafael, assim como seu irmão gêmeo Fábio, foram revelados nas categorias de base do Fluminense, mas vendidos ao Manchester United, da Inglaterra, antes mesmo de chegarem aos profissionais.