Por decisão de Levir Culpi, Jonathan passou a treinar separadamente do elenco do Fluminense. O lateral, após a vitória sobre o Cruzeiro por 2 a 0, nunca mais foi utilizado e já foi comunicado que não ficará no clube em 2017. Apesar das escolhas do treinador, o lateral nega ressentimentos.
– Não houve nenhum atrito entre eu e o Levir. Apenas ele tomou a decisão de me afastar de três jogos, me colocar na reserva e eu respeitei e foi isso. Eu fui profissional, tinha o comandante que na época era o Levir, ele tomou a decisão de me tirar do time e, consequentemente, dos jogos e eu acatei. Ele deu uma justificativa para mim que eu estava mal fisicamente e eu fui atrás do fisiologista, busquei os números e tenho também os scouts e o fisiologista que eu estava na média do Campeonato Brasileiro. É difícil de explicar o que aconteceu, mas eu respeitei a decisão e continuei treinando e trabalhando – falou.