Zagueiro de origem, João Filipe chegou ao Fluminense como reforço para o meio de campo. Técnico do atleta no Avaí, onde conseguiu o acesso para a Série A do Campeonato Brasileiro, Geninho elogiou o jogador. De acordo com o treinador, de volante, o defensor acabou sendo um dos grandes nomes da equipe.
– Comigo foi muito bem. Foi contratado inicialmente como zagueiro, mas voi aproveitado mais no meio de campo. Foi um volante pelo lado direito. Fez um campeonato muito bom, um dos destaques da equipe. Não trabalhou comigo como zagueiro. Fez uma partida apenas como defensor. Depois, foi utilizado no meio de campo – disse.