No Fluminense desde 2021, Manoel sofreu com lesões na temporada de 2024. O zagueiro de 34 anos, pouco foi utilizado. Contudo, de acordo com o jornalista Gabriel Amaral, o Tricolor das Laranjeiras deverá oferecer um contrato curto para Manoel.
Os números de Manoel atuando pelo Fluminense
Desde 2021, Manoel atuou em 105 jogos pelo Fluminense. Foram 56 vitórias, 16 empates e 33 derrotas, um aproveitamento de 58,41%. O zagueiro marcou 10 gols neste período. Dos 105 jogos em que esteve dentro de campo, Manoel foi titular em 91.
Na atual temporada, Manoel foi pouco utilizado por conta das lesões. Em março, ele sofreu uma lesão no tornozelo que o tirou dos gramados por quase um mês. Já em maio, Manoel sofreu uma lesão na coxa e fico de fora por 13 dias. Por fim, em junho o jogador sofreu uma lesão na coxa direita e ficou de fora por mais de um mês.
Na reta final do Brasileirão 2024, com os desfalques na zaga titular do Fluminense, Manoel começou a ser mais utilizado pelo técnico Mano Menezes e ajudou o Tricolor das Laranjeiras a escapar do rebaixamento, garantindo a permanência na Série A de 2025.
Pelo Fluminense, Manoel conquistou o Campeonato Carioca de 2023, o Campeonato Carioca de 2023 e a Libertadores da América de 2023.