Jogador que passou pelo Fluminense entre 2015 e 2016, Jonathan teve uma carreira longa e vitoriosa. E não titubeou ao citar Fred como o melhor definidor de jogadas com quem atuou junto. O lateral-direito foi parceiro do centroavante tanto no Tricolor quanto no Cruzeiro, no início de carreira.
— Dos caras que eu joguei, foi o melhor finalizador. De direita, esquerda, cabeça – disse ao programa MunDu Menezes, da ESPN.
Revelado pelo Cruzeiro, Jonathan defendeu ainda Santos, Internazionale (ITA), Parma (ITA) e Athletico-PR. Pelo Peixe, foi campeão da Libertadores em 2011.
No Fluminense, o lateral-direito não teve grande destaque. Disputou 28 partidas. Não fez gol e deu três assistências. Fez parte do time campeão da extinta Primeira Liga em 2016.