Em 2019, logo após a demissão de Oswaldo de Oliveira, Marcão assumiu o comando técnico do Fluminense com a missão de livrar o Tricolor do rebaixamento. Acabou sendo efetivo e ainda conseguiu classificar o Time de Guerreiros para a Copa Sul-Americana.
Já em 2020, o momento era outro. Com a saída de Odair para o futebol árabe, a missão de Marcão era levar o Flu para a Libertadores, e mais uma vez foi cumprida. Em entrevista, o treinador comparou as duas situações em que assumiu o Tricolor.
– Ano passado um trabalho bastante difícil, mas o estafe, todos os envolvidos, conseguimos fazer uma recuperação boa junto dos nossos guerreiros. Mudamos aquela história e fomos para a Sul-Americana. Esse ano, mesma responsabilidade e dificuldade. Nosso torcedor já estava sonhando e vivendo aquilo, a responsabilidade continuou sendo a mesma. Total entrega dos nossos meninos e chegamos a essa tão sonhada vaga. Estávamos muito tempo longe da Libertadores. E falando do Marcão, é legal. Um pouco atrás, trabalhando aqui, acompanhando o Diniz, o Oswaldo. Sempre serve de aprendizado. Pegamos uma escola do Diniz, um jogo diferente. Particularmente, gosto muito do movimento que o Fernando faz. Esse ano pega um Odair com um formato totalmente diferente até para mim. Poxa, vamos tentar pegar um pouco do Fernando aqui, que o Marcão gosta, e adaptar ao que o Odair fez e criou. É um momento de aprendizado e transição – disse.