Jogador do Fluminense entre 2015 e 2016, Jonathan agora atua no Atlético-PR. Por lá, o lateral-direito afirma viver melhor fase desde a volta ao Brasil e revela ter sofrido alguns problemas no Tricolor. Ele também lembra da sua saída.
– Sem dúvida, acho que é o meu melhor momento desde que voltei para o Brasil. Tive alguns problemas no Fluminense, muitos falaram em problemas físicos, em lesão e graças a Deus eu não tive nenhuma lesão por lá. O que aconteceu no Fluminense foram problemas internos e não tenho mais que voltar nesse assunto. Estou bem aqui no Atlético e sou grato ao clube por ter aberto as portas para mim. O grupo é bom, com um treinador sensacional e com uma estrutura maravilhosa – minimizou.
Pelo Fluminense, Jonathan disputou 28 partidas e era titular no time campeão da Primeira Liga, comandado pelo então técnico Levir Culpi.