Logo depois de enfrentar o Cruzeiro, em meados de julho, Jonathan concedeu entrevista coletiva e avisou que não teria o contrato renovado no fim deste ano. Coincidência, ou não, nunca mais foi utilizado, mas o lateral não acredita que o fato de ter tornado público sua situação tenha interferido para a decisão do então treinador do Fluminense, Levir Culpi.
– Não acredito que tenha sido um castigo. A decisão de não ser mais relacionado já vinha de muito tempo, mas na ocasião o jogador da posição estava suspenso, eu joguei na partida, fui bem e fui para coletiva e disse aquilo que a diretoria havia passado para mim.