Em 15 de março de 2009, Fred começa a escrever sua história no Fluminense. Há exatos sete anos, o centroavante estreava pelo clube, com dois gols na vitória sobre o Macaé por 3 a 1, no Maracanã, pelo Campeonato Estadual.
O primeiro tento do ídolo com a camisa tricolor foi após assistência do argentino Dario Conca, outro ícone do clube. No final do jogo, após cruzamento de Marquinhos e desvio de cabeça de Everton Santos, ele não perdoou e guardou o segundo. Naquele, marcou ainda mais 22 gols.
Em 2009, após duas lesões, Fred comandou o Time de Guerreiros, que evitou um rebaixamento dado como certo no Brasileirão. Sagrou-se campeão brasileiro duas vezes, com participação efetiva em 2012, como artilheiro da competição, e carioca naquela temporada.
Ainda no quesito artilharia, Fred sobra. Foi o goleador máximo do Campeonato Carioca de 2011 e 2015 duas vezes do Brasileiro, em 2012 e 2014. Para completar, o camisa 9 é o maior artilheiro da história do Fluminense nas duas principais competições nacionais: no Brasileiro – onde já balançou as redes 89 vezes pelo clube – e na Copa do Brasil, competição em que marcou 14 gols desde que chegou ao Flu. Ao todo, são 167 gols pelo tetracampeão nacional.
Gols por temporada de Fred no Fluminense:
2009 – 22 gols
2010 – 18 gols
2011 – 34 gols
2012 – 30 gols
2013 – 8 gols
2014 – 27 gols
2015 – 22 gols
2016 – 6 gols