Formado em preparação física, Eduardo Baptista iniciou a carreira de treinador em fevereiro de 2014. Campeão da Copa do Nordeste e Pernambucano pelo Sport, teve a primeira oportunidade em clube grande de maneira até bem rápida. No entanto, ouve atentamente ao que o pai, Nelsinho, tem a dizer sobre seu futuro na profissão.
– A minha mãe é mais emocional, o meu pai é mais razão. Então, escuto minha mãe, mas por último escuto meu pai. Conversei com ele (antes de ir para o Flu). Em tudo na minha vida converso com ele (…) Ele sempre falava “fica comigo” que você tem perfil para ser treinador, vejo você com esse perfil, e mais uma vez fui acreditando nele, e com o tempo fui mostrava que não era só o filho do treinador, que tinha minha competência – declarou o técnico do Fluminense.